Ilustración Hispanoamericana: Las ideas de la Ilustración española, que enfatizaban la razón, la ciencia, la practicidad, la claridad en lugar del oscurantismo y lo ayudaban con y el secularismo, se transmitieron de Francia al Nuevo Mundo en el siglo XVIII, después del establecimiento de la monarquía de Borbón en España. En la América española, las ideas de la Ilustración afectaron a las chepas educadas en los principales centros urbanos, especialmente en la Ciudad de México, Lima y Guatemala, donde existían universidades fundadas en los siglos XVI y XVII. En estos centros de aprendizaje, los intelectuales españoles nacidos en Estados Unidos ya participaban en el discurso intelectual y científico, con universidades hispanoamericanas cada vez más anti-escolásticas y opuestas a la "autoridad no probada" incluso antes de que los Borbones españoles llegaran al poder. La mejor estudiada es la Universidad de San Carlos de Guatemala, fundada en 1676.
En la América española, igual que en España, la Ilustración tenía algunos aspectos del anticlericalismo, pero muchos sacerdotes estaban a favor de la ciencia y el pensamiento científico y eran practicantes. Algunos clérigos fueron defensores de la Ilustración, así como la independencia. Los textos ilustrativos que circulan en la América española se han relacionado con los fundamentos intelectuales de la independencia hispanoamericana. Las obras de los filósofos ilustrados eran de propiedad y lectura en la América española, a pesar de las restricciones en el comercio de libros y su inclusión en la lista de libros prohibidos de la Inquisición. Los jesuitas fueron instrumentales al introducir nuevas tendencias en filosofía en la América española, y luego de su expulsión en 1767, los franciscanos continuaron explorando esta línea de pensamiento. El clero secular hispanoamericano era propietario de tales trabajos, incluido el sacerdote mexicano Miguel Hidalgo y Costilla, cuyo libre pensamiento le había perdido su puesto como rector del seminario de San Nicolás y fue enviado a la pequeña parroquia de Dolores.
En el siglo XVIII, había varios sacerdotes nacidos en España y en Estados Unidos que practicaban la ciencia. Entre ellos destacó el español José Celestino Mutis en Nueva Granada, quien dirigió la expedición botánica real a Nueva Granada. Fue educado en matemáticas, astronomía y medicina. Mutis entrenó a Francisco José de Caldas. Similar a él era el clérigo secular mexicano José Antonio de Alzate y Ramírez, quien fundó importantes periódicos que difundieron el conocimiento sobre los hallazgos científicos, incluido el suyo. Alexander von Humboldt se reunió y consultó con Mutis, Caldas y leyó las obras de Alzate (quien murió justo antes de que Humboldt llegara a Nueva España) durante su expedición científica a la América española a principios del siglo XIX. Humboldt quedó impresionado por el nivel intelectual de la ciencia en la América española.
Las divisiones entre los clérigos en la América española eran entre los que apoyaban el regalismo, es decir, la supremacía de la corona sobre la Iglesia católica, y los que se adherían al ultramontanismo, apoyando el poder del papado sobre los monarcas. La corona española se movió para consolidar su supremacía sobre la Iglesia católica mediante la supresión de la Compañía de Jesús en España y en su imperio de ultramar en 1767. Los jesuitas eran "soldados del Papa", haciendo voto para servir al pontífice. Las instituciones educativas jesuitas tenían como alumnos a los hijos de españoles nacidos en Estados Unidos, y eran lugares donde se difundían las ideas de la Ilustración. Los jesuitas poseían un número considerable de haciendas rentables, o haciendas, que eran administradas eficientemente por jesuitas entrenados en administración. Un importante jesuita exiliado fue Francisco Javier Clavijero, quien escribió una historia importante de México, vio sus orígenes en los logros de las civilizaciones indígenas y creó una idea de México separada de la España peninsular.
La corona española también se movió contra el clero en su conjunto al intentar limitar los privilegios corporativos de la Iglesia Católica, el fuero eclesiástico, que otorgaba a los clérigos el derecho a ser juzgados por todos los delitos en los tribunales canónicos en lugar de los de la corona.
Abad y Queipo le dio a Humboldt algunos de sus escritos sobre las condiciones en Nueva España y la necesidad de una reforma a Humboldt, y sus ideas encontraron su camino en el famoso "Ensayo político" de Humboldt sobre el Reino de Nueva España ".
También funcionaron como grupos de discusión que consideraron temas políticos, particularmente porque las políticas de la corona favorecieron cada vez más a la península.