Una de las críticas al periodo de dictadura entre 1973-1990 fueron las reiteradas y sistemáticas violaciones a los derechos humanos, debido a que
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A partir del golpe de Estado y teniendo como base ideológica la Doctrina de Seguridad Nacional, se puso en práctica en Chile una política de Estado represiva que tuvo como objetivo sofocar toda amenaza al nuevo orden establecido, recurriendo para ello a la detención, la tortura, el asesinato y el exilio. Estas acciones afectaron a miles de chilenos entre políticos de izquierda, dirigentes sindicales y simpatizantes del depuesto gobierno de la Unidad Popular.
La violación sistemática de los derechos humanos se llevó a cabo a través de los órganos estatales ya existentes (Fuerzas Armadas, Carabineros de Chile, Policía de Investigaciones), mientras que otros fueron creados especialmente para tal efecto, como fue el caso de la Dirección de Inteligencia Nacional (DINA, 1974-1977), Comando Conjunto (1975-1977) y Central Nacional de Informaciones (CNI, 1977-1990, sucesora de la DINA). Entre 1974 a 1977, la DINA, al mando del coronel Manuel Contreras, actuó en forma selectiva y sistemática atacando a los dirigentes de los partidos políticos de izquierda que se encontraban en la clandestinidad, lo que elevó la cifra de detenidos desaparecidos a 1.102 en 1977. Desde 1978 en adelante, la represión tomaría cauces más institucionalizados, manteniéndose la violación sistemática de los derechos humanos hasta el fin del régimen militar, como una forma de reprimir los movimientos políticos y sociales que protestaban por el retorno a la democracia.
Entre los casos más conocidos, se encuentran Caravana de la Muerte (1973), Operación Colombo (1975), Calle Conferencia (1976), Hornos de Lonquén (1978), caso Degollados (1985), caso Quemados (1986) y Operación Albania (1987), además de los asesinatos de Carlos Prats (Buenos Aires, 1974), Orlando Letelier (Washington, 1976) y Tucapel Jiménez (1982).
Igualmente, lugares emblemáticos de la represión fueron el Estadio Nacional (1973), el Estadio Chile (1973), el buque escuela Esmeralda (1973), Peldehue (1973), Pisagua (1973-1974), Chacabuco (1973-1975), Academia de Guerra Aérea (1973-1975), Isla Quriquina (1973-1975), Tejas Verdes (1973-1976), Cuatro Alamos (1974-1977), Londres 38 (1973-1974), José Domingo Cañas (1974), Villa Grimaldi (1974-1976) y Venda Sexy (1975), entre muchos otros.