Los tiahuanacos se establecieron en la meceta del puno y parte del
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Cuenta la leyenda que de las aguas del Titicaca emergieron Manco Cápac y Mama Ocllo, míticos fundadores del imperio de los incas. Lo cierto es que en la región de Puno se desarrolló una de las culturas pre-incas más importantes, la Tiahuanaco, máxima expresión del antiguo pueblo Aymara.
Entre los años 800 y 1200 d.C. el altiplano, compartido hoy por Perú y Bolivia, fue testigo del desarrollo de la cultura Tiahuanaco. Una civilización cuya influencia, especialmente en el ámbito religioso, se dejo sentir en casi todo el territorio peruano. Con destreza desarrollaron la arquitectura, la litoescultura, la cerámica y la textilería, dejando en todas sus piezas, una iconografía religiosa que aún no comprendemos a cabalidad. Al decaer el poder Tiahuanaco, diversas culturales locales surgieron en sus antiguos dominios. Los Collas y Aymaras destacaron sobre los demás reinos.
Los Incas, en el siglo XV, entraron en la meseta del Collao conquistando violentamente a los grupos collas que habitaban tanto la parte alta como las tierras bajas. Otros pueblos como los lupacas, pacajes yazángaros optaron más bien por aliarse a los Incas y establecieron vínculos de reciprocidad con los gobernantes cusqueños.
Los conquistadores españoles establecidos en Cusco tuvieron noticias de las riquezas que guardaba la región del Collao. Empezó así, la presencia hispana en el Altiplano.
A mediados del siglo XVII, el control de las minas de Laycacota ocasionó terribles disputas. El propio virrey Conde de Lemos viajó hasta la zona para pacificarla y fundó entonces la actual ciudad de Puno con el nombre de San Carlos de Puno el 4 de noviembre de 1668. Más tarde, durante el siglo XVIII, la población indígena de la región apoyó la rebelión de Túpac Amaru y la de Túpac Catari, y exigió poner fin a los abusos cometidos por las malas autoridades.
En el siglo XX los campesinos puneños se levantaron nuevamente, esta vez con Teodomiro Gutiérrez Cuevas Rumi Maqui como líder, lucharon contra aquellos que pretendían arrebatarles sus tierras. La tradición campesina se ha mantenido en el departamento cuyas principales actividades continúan siendo la agricultura y la ganadería con miras al mercado regional del sur andino.