Los organismos que pertenecen al reino funji o de los hongos son
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Clasificación clásica de los hongos
Anteriormente se clasificaban como hongos todos los seres de aspecto fungoide y hábitos saprofíticos. Pero los estudios filogenéticos modernos separan al reino Fungi de los protistas o cromistas como Oomycota que en realidad no son verdaderos hongos, sino que sus adaptaciones hicieron confundirlos con ellos.
Hongos ameboides o mucilaginosos:
Mixomicotes (división Myxomycota)
Plasmodioforomicotes (división Plasmodiophoromycota)
Hongos lisotróficos o absorbotróficos:
Pseudohongos u oomicotes (división Oomycota)
Quitridios (división Chytridiomycota)
Hongos verdaderos o eumicotes (división Eumycota):
Zigomicetes (clase Zygomycetes)
Ascomicetes (clase Ascomycetes)
Basidiomicetes (clase Basidiomycetes)
Hongos imperfectos (clase Deuteromycetes)
Clasificaciones actuales de los hongos
Uno de los sistemas actualizados (2015), simplifica y le da a los hongos cinco divisiones:39
Basidiomicetos (división Basidiomycota): Desarrollan setas llamadas basidiocarpos que producen basidios con basidiosporas.
Ascomicetos (división Ascomycota): Desarrollan ascas con ascosporas.
Glomeromicetos (división Glomeromycota): Micorrizas simbiontes de plantas con glomerosporas multinucleadas.
Zigomicetos (división Zygomycota): Mohos que forman zigosporas.
Quitridiomicetos (división Chytridiomycota sensu lato): Hongos microscópicos con zoosporas y gametos uniflagelados.
Esta clasificación reconoce como válidos los grupos parafiléticos, que en este caso son Chytridiomycota y Zygomycota.